Alma Mater Museum forma parte del Palacio Arzobispal, edificio situado en la plaza de la Seo, uno de los principales enclaves de la ciudad a lo largo de toda su historia. En este solar se han ido sucediendo las diferentes culturas que han formado nuestro territorio, íberos, romanos, musulmanes, cristianos y en todas ellas éste ha sido un emplazamiento importante.

En 1118, el rey Alfonso I de Aragón (el Batallador), junto al gobernador de la ciudad, Gastón de Bearne, donaron al obispo Pedro de Librana un terreno junto a la muralla, con una torre. Este terreno se situaba cerca de la mezquita mayor que se convertiría en catedral tras la reconquista. Era una vivienda en el prestigioso barrio del Salvador, en ella fijaron su residencia los nobles y los clérigos que organizaron la vida en la nueva capital aragonesa. Este espacio pasó a conformar lo que se llamarían las Casas del Obispo, después palacio episcopal y palacio arzobispal, que fueron residencia real desde los primeros siglos del medievo hasta avanzado el siglo XIX. Posteriores ampliaciones, restauraciones y adaptaciones han constituido el aspecto actual del Palacio Arzobispal que hoy conocemos.